สมเจตน์ เกิดเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม พ.ศ. 2491 ที่จังหวัดชลบุรี เป็นพี่ชายแท้ ๆ ของ สมคิด บุญถนอม อดีตจเรตำรวจ จบการศึกษาจากโรงเรียนเตรียมทหารรุ่นที่ 8 (ตท.8) โรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้ารุ่นที่ 19 (จปร.19), โรงเรียนเสนาธิการทหารบก, หลักสูตรวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร พ.ศ. 2541-พ.ศ. 2542 (วปอ.) นอกจากนี้แล้วยังได้ศึกษาเพิ่มเติมต่อ หลักสูตรผู้บริหารระดับสูง สถาบันวิทยาการตลาดทุน รุ่นที่ 6 ตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย, ประกาศนียบัตรหลักสูตร Director Certification Program รุ่นที่ 91 ของสมาคมส่งเสริมสถาบันกรรมการบริษัทไทย, หลักสูตร Director Accreditation Program รุ่นที่ 62 ของสมาคมส่งเสริมสถาบันกรรมการบริษัทไทย และหลักสูตร Finance for Non-finance Director รุ่นที่ 35 ของสมาคมส่งเสริมสถาบันกรรมการบริษัทไทย